Après des mois d'attente, voici le nouveau Command et Conquer. L'histoire se passe en 2047. La terre est envahi d'un manteau « vert tiberium », du nom du métal extra-terrestre. Depuis cette invasion, deux camps se forme : le Groupement de Défense International (GDI) et la Confrérie du NOD. Les deux camps se livrent d'incessants combats, mais ces derniers mois, une trêve semble observée. Maintenand, à vous de prendre le relai.